Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AD001527.2-201ENST00000622994 785 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 EPHA10-201ENST00000319637 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 DUSP5P1-201ENST00000441325 1139 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AL139327.4-201ENST00000612362 153 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 STX2-201ENST00000261653 3331 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 CHIC2-201ENST00000263921 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 SDHD-206ENST00000528182 754 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
VPS54Q9P1Q0 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms