Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 CDK11B-201ENST00000340677 2534 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
SF3A1Q15459 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC009041.2-206ENST00000563863 1728 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 GXYLT2-201ENST00000389617 3260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
SF3A1Q15459 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
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