Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 KRT18P55-202ENST00000578578 1546 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AURKA-202ENST00000347343 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CUX1P39880 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CUX1P39880 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TAS2R41-201ENST00000408916 924 ntAPPRIS P1 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
CUX1P39880 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CUX1P39880 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms