Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MTHFSD-203ENST00000543303 1207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC021087.4-201ENST00000563761 564 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MTHFSD-220ENST00000634347 1207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ARSA-201ENST00000216124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ARSA-204ENST00000395621 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RNA5SP419-201ENST00000515908 135 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SPAG9-202ENST00000357122 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SLX1B-SULT1A4-201ENST00000344620 2424 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
DKK3Q9UBP4 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.8 ms