Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RNF146-203ENST00000368314 2369 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CHRNG-201ENST00000389492 1398 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RPA2-202ENST00000373909 1162 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ERICH1-201ENST00000262109 1813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 FAM91A1-207ENST00000521166 2706 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PDLIM7-203ENST00000359895 1567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC3Q9BQI4 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms