Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 UFSP1-201ENST00000388761 996 ntAPPRIS P1 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RCN1P1-201ENST00000400413 996 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL845331.1-201ENST00000424978 1190 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 DHRS2-210ENST00000611765 1287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SLX1A-201ENST00000251303 1091 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 KLHDC7B-201ENST00000395676 2991 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
USP28Q96RU2 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms