Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 AC120049.1-201ENST00000592638 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 KIAA1522-204ENST00000401073 5438 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 PPP2R5B-201ENST00000164133 2745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SKA1Q96BD8 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 ZNF668-201ENST00000300849 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SPTBN4-212ENST00000598249 8070 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CLUH-201ENST00000435359 5224 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SKA1Q96BD8 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms