Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MARK4-210ENST00000620044 2105 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ERAS-201ENST00000338270 1266 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 PTPA-220ENST00000436883 532 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RNF151-201ENST00000321392 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 RNF151-203ENST00000569714 796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
HLA-CQ95604 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms