Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PRSS36-201ENST00000268281 2840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 APOA5-201ENST00000227665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TFCP2-204ENST00000548115 1862 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USF3Q68DE3 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms