Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 RAB7A-201ENST00000265062 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 FBXL18-205ENST00000620087 2076 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 POLD3-203ENST00000527458 2122 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
COL6A1P12109 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms