Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 BBC3-201ENST00000300880 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 WIPF2-210ENST00000585043 2693 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SOD2-215ENST00000546087 2558 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NIPAL2-202ENST00000430223 4496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 HLA-DQB1-204ENST00000399084 1734 ntAPPRIS P1 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SAMD3-202ENST00000368134 2377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.3 ms