Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ZNF256-202ENST00000598928 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PCDHA6-203ENST00000529310 5374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ILK-203ENST00000420936 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SH2D3C-203ENST00000373277 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SHROOM2-201ENST00000380913 7447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms