Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 EIF4A1-203ENST00000577269 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ASGR1-208ENST00000574388 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SYN2-206ENST00000621198 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SLC12A9-215ENST00000540482 2269 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
HOXC9P31274 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AMACR-204ENST00000382085 1195 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 FAM13C-204ENST00000468840 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
HOXC9P31274 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.6 ms