Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ4

TRIM35, Tripartite motif-containing protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM35Q9UPQ4 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 STAMBPL1-203ENST00000371926 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 GCAT-202ENST00000323205 1656 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 NUDT9-201ENST00000302174 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
TRIM35Q9UPQ4 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 WDR90-202ENST00000315764 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 BCL2L11-201ENST00000308659 1522 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
TRIM35Q9UPQ4 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms