Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 FAAHP1-202ENST00000446499 1238 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 REXO1L6P-202ENST00000619970 1078 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TNFAIP1-202ENST00000544907 1656 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 OLFM2-203ENST00000590841 1665 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
VPS28Q9UK41 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.7 ms