Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PGRMC1-202ENST00000535419 1762 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 ZNF74-201ENST00000357502 2788 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
VPS54Q9P1Q0 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC2-201ENST00000262096 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PPM1M-202ENST00000323588 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
VPS54Q9P1Q0 ISG20-201ENST00000306072 1856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms