Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 THRA-203ENST00000450525 4895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CENPS-CORT-205ENST00000602787 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RB1CC1-201ENST00000025008 6635 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 PCDHA8-201ENST00000378123 2616 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC54Q8NEL0 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms