Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 FAM8A6P-201ENST00000407496 1135 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RTKN2-203ENST00000395260 2076 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 U2AF2-201ENST00000308924 1698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms