Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MED25-202ENST00000538643 1623 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 ITPA-203ENST00000455664 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 LINC01336-202ENST00000506086 479 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
COL5A3P25940 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms