Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KIAA1324L-208ENST00000450689 6841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 WASF1-206ENST00000392588 3122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
HOXD4P09016 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms