Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP3Q9Y3E7 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PTPN21-208ENST00000556564 6166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MRPL49-206ENST00000531705 489 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC010522.1-205ENST00000598031 606 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SCYL1-202ENST00000279270 1659 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PGR-201ENST00000263463 2496 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP3Q9Y3E7 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms