Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SNHG17-206ENST00000436764 973 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 THAP7-AS1-203ENST00000452284 2298 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC87Q9NVE4 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 HAUS8-201ENST00000253669 1568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 WBP2-203ENST00000433525 928 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 THNSL2-203ENST00000377254 1560 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC87Q9NVE4 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms