Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 HCCS-202ENST00000380762 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TRIM9-201ENST00000298355 5284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
DKK3Q9UBP4 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms