Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CDV3-207ENST00000508481 661 ntTSL 3 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PTPN12-201ENST00000248594 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CDC25A-201ENST00000302506 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MINOS1P3-201ENST00000457048 203 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 TOM1L2-203ENST00000395739 1766 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
VPS54Q9P1Q0 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms