Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL4

USP43, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 43, humanhuman

Predictions only

Length 1,123 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP43Q70EL4 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 MGAT2-201ENST00000305386 2687 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 FXYD1-204ENST00000588081 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 CRYZL1-203ENST00000381540 1482 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP43Q70EL4 RHBDL1-201ENST00000219551 1560 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 KIRREL2-205ENST00000592409 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ANK1-211ENST00000522231 1060 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ANK1-212ENST00000522543 1160 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 GRAP-204ENST00000573099 846 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 KXD1-202ENST00000539106 1496 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
USP43Q70EL4 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms