Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LINC01356-201ENST00000401018 1819 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SNX8-201ENST00000222990 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RANGRF-203ENST00000439238 1140 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
COL6A1P12109 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC19.46■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms