Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 HIST1H2AK-201ENST00000618958 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
NPHP3Q7Z494 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC087641.1-201ENST00000557561 1021 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC103808.2-201ENST00000582755 594 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 GDPD1-201ENST00000284116 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
NPHP3Q7Z494 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms