Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 B3GNT2-201ENST00000301998 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 RBCK1-206ENST00000400247 790 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ADCY8-201ENST00000286355 5938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 EDA-203ENST00000374552 5278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 KIF1BP-204ENST00000626493 2337 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 C8orf46-215ENST00000522977 1347 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
USP39Q53GS9 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms