Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS39Q96JC1 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS39Q96JC1 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms