Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIM2P55344 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIM2P55344 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIM2P55344 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIM2P55344 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIM2P55344 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIM2P55344 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIM2P55344 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIM2P55344 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIM2P55344 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIM2P55344 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIM2P55344 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIM2P55344 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIM2P55344 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
LIM2P55344 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIM2P55344 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIM2P55344 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LIM2P55344 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIM2P55344 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIM2P55344 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIM2P55344 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIM2P55344 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIM2P55344 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIM2P55344 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIM2P55344 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIM2P55344 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIM2P55344 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIM2P55344 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIM2P55344 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIM2P55344 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIM2P55344 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIM2P55344 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIM2P55344 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIM2P55344 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIM2P55344 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIM2P55344 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIM2P55344 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIM2P55344 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIM2P55344 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIM2P55344 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIM2P55344 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIM2P55344 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIM2P55344 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LIM2P55344 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIM2P55344 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIM2P55344 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIM2P55344 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIM2P55344 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIM2P55344 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIM2P55344 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIM2P55344 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIM2P55344 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LIM2P55344 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIM2P55344 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIM2P55344 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIM2P55344 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIM2P55344 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIM2P55344 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIM2P55344 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIM2P55344 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIM2P55344 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIM2P55344 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIM2P55344 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIM2P55344 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIM2P55344 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14 ms