Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSH2P43246 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH2P43246 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH2P43246 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH2P43246 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSH2P43246 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH2P43246 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH2P43246 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH2P43246 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH2P43246 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH2P43246 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSH2P43246 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH2P43246 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH2P43246 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH2P43246 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH2P43246 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSH2P43246 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSH2P43246 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
MSH2P43246 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH2P43246 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH2P43246 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSH2P43246 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
MSH2P43246 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSH2P43246 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSH2P43246 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSH2P43246 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSH2P43246 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH2P43246 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH2P43246 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH2P43246 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH2P43246 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH2P43246 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSH2P43246 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH2P43246 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH2P43246 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH2P43246 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH2P43246 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSH2P43246 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH2P43246 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH2P43246 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH2P43246 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSH2P43246 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSH2P43246 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSH2P43246 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSH2P43246 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSH2P43246 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSH2P43246 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSH2P43246 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSH2P43246 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
MSH2P43246 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
MSH2P43246 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH2P43246 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH2P43246 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSH2P43246 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH2P43246 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH2P43246 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH2P43246 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH2P43246 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH2P43246 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH2P43246 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH2P43246 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms