Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
BDNFP23560 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
BDNFP23560 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
BDNFP23560 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
BDNFP23560 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
BDNFP23560 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
BDNFP23560 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BDNFP23560 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BDNFP23560 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
BDNFP23560 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
BDNFP23560 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BDNFP23560 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BDNFP23560 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
BDNFP23560 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BDNFP23560 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
BDNFP23560 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BDNFP23560 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BDNFP23560 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BDNFP23560 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
BDNFP23560 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
BDNFP23560 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BDNFP23560 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BDNFP23560 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BDNFP23560 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BDNFP23560 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BDNFP23560 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.95■■□□□ 1.74
BDNFP23560 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
BDNFP23560 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
BDNFP23560 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BDNFP23560 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BDNFP23560 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BDNFP23560 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BDNFP23560 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.92■■□□□ 1.74
BDNFP23560 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.92■■□□□ 1.74
BDNFP23560 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
BDNFP23560 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
BDNFP23560 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
BDNFP23560 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
BDNFP23560 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
BDNFP23560 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
BDNFP23560 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
BDNFP23560 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
BDNFP23560 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
BDNFP23560 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
BDNFP23560 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
BDNFP23560 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
BDNFP23560 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
BDNFP23560 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
BDNFP23560 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
BDNFP23560 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
BDNFP23560 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
BDNFP23560 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BDNFP23560 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
BDNFP23560 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BDNFP23560 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BDNFP23560 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BDNFP23560 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
BDNFP23560 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
BDNFP23560 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BDNFP23560 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
BDNFP23560 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
BDNFP23560 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
BDNFP23560 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
BDNFP23560 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
BDNFP23560 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
BDNFP23560 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
BDNFP23560 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BDNFP23560 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
BDNFP23560 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
BDNFP23560 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 196.1 ms