Protein–RNA interactions for Protein: P18887

XRCC1, DNA repair protein XRCC1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 633 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
XRCC1P18887 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
XRCC1P18887 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
XRCC1P18887 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
XRCC1P18887 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
XRCC1P18887 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms