Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SEH1L-202ENST00000399892 1846 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AP001626.1-201ENST00000424890 2854 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 GORASP1-206ENST00000422110 2523 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHMP3Q9Y3E7 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms