Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 MRPL24-202ENST00000368211 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC112907.2-201ENST00000448639 330 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PSMD8-202ENST00000585598 541 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LINC00304-203ENST00000565008 1864 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
VPS29Q9UBQ0 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 FAM181A-203ENST00000556222 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
VPS29Q9UBQ0 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms