Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
TDP1Q9NUW8 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TMEM59-202ENST00000371337 600 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC18.25■□□□□ 0.51
TDP1Q9NUW8 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
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