Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ST8SIA5-202ENST00000536490 1499 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TM2D1-204ENST00000371180 1248 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC118553.2-203ENST00000639037 2590 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CD276-203ENST00000537340 2439 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 AP000688.4-201ENST00000436303 446 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms