Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GNAS-AS1-202ENST00000443966 2341 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CSNK2B-203ENST00000375882 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CCND3-213ENST00000510503 1257 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TCIRG1-213ENST00000532635 2457 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 BHLHE22-201ENST00000321870 3262 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21 ms