Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
HOXA4Q00056 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DMKN-212ENST00000443640 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MED30-201ENST00000297347 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 VCX3B-203ENST00000444481 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 VCX3A-203ENST00000612369 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 AL365255.1-201ENST00000637702 847 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SUPT20H-202ENST00000356185 2681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FIBIN-201ENST00000318627 1938 ntAPPRIS P1 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
HOXA4Q00056 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms