Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CBS-203ENST00000398158 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CBSL-206ENST00000624406 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CD40-201ENST00000372276 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DCAF8-218ENST00000610139 1607 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
MSX1P28360 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.3 ms