Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DPF3-204ENST00000546183 1514 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC021739.2-201ENST00000558375 964 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
CCDC3Q9BQI4 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms