Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KLHDC4-227ENST00000622456 1422 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP8-202ENST00000356099 1584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SNX1-208ENST00000559844 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NT5C-210ENST00000582160 860 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PDE4DIP-201ENST00000313431 5676 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KIAA1324L-207ENST00000444627 3527 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SUPT20H-203ENST00000360252 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MVK-201ENST00000228510 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LINC00472-203ENST00000426635 2958 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC133963.1-201ENST00000504166 1679 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.4 ms