Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 GGT2-201ENST00000401924 2366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
COL4A3Q01955 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 DUTP2-201ENST00000519164 463 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PSMA7-201ENST00000370858 925 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
COL4A3Q01955 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms