Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 GUK1-203ENST00000366718 1275 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 FAM234A-202ENST00000301679 1936 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 FLYWCH1P1-201ENST00000460917 1874 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TXNRD3-203ENST00000524230 2950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 LYSMD4-202ENST00000344791 2885 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HOXC9P31274 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms