Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 ETFBKMT-202ENST00000395763 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CASKIN2-201ENST00000321617 5015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
SDC1P18827 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 CYP11A1-202ENST00000358632 2001 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
SDC1P18827 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 AMIGO2-202ENST00000429635 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 DOCK7-203ENST00000404627 2678 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 KRT18P48-201ENST00000434763 852 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
SDC1P18827 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms