Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 MRM2-203ENST00000440306 1570 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ADORA2A-214ENST00000611543 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 PDE3B-201ENST00000282096 6076 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
NPHP1O15259 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NPHP1O15259 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms