Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 STX17-212ENST00000534052 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PGM1-205ENST00000540265 2345 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 METTL26-201ENST00000301686 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 METTL26-205ENST00000397666 726 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 MB21D1-202ENST00000370318 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TUBA4A-201ENST00000248437 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 A4GALT-201ENST00000249005 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC61Q9Y6R9 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms