Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
ATG4BQ9Y4P1 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SEMA6C-209ENST00000613223 1950 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CXXC5-211ENST00000511048 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ZNF575-205ENST00000601282 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TRMT6-201ENST00000203001 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC16.93■□□□□ 0.3
ATG4BQ9Y4P1 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms