Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 LINC01385-201ENST00000512310 780 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 TBXAS1-204ENST00000416849 2505 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HIF3AQ9Y2N7 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC16.21■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 RABEP1-202ENST00000537505 5365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 RASA4DP-201ENST00000460726 1199 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
HIF3AQ9Y2N7 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms