Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LIM2P55344 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 VPS72-207ENST00000640458 689 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TMC5-203ENST00000396229 4917 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 ENTPD2-202ENST00000355097 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LIM2P55344 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 MAPK8IP3-216ENST00000610761 5626 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CCDC74A-206ENST00000467992 1347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 DLGAP1-222ENST00000639615 1898 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 BX276092.5-203ENST00000456199 560 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LIM2P55344 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIM2P55344 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 GNAS-203ENST00000306120 1878 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIM2P55344 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms